Pentobis Hauptfenster zeigt das Spielbrett auf der linken Seite. Auf den gespielten Spielsteinen auf dem Brett können sich Nummern befinden, die die Zugnummer angeben, zu der der Spielstein gespielt wurde. Ein Buchstabe nach der Zugnummer zeigt an, dass zu diesem Zug eine Variante existiert (siehe unten).
Spielsteine können gespielt werden, indem sie mit der Maus oder den Pfeiltasten an eine Position gebracht werden, die einem legalen Zug entspricht, und dann die linke Maustaste oder die Eingabetaste gedrückt wird.
Auf der rechten Seite werden die verbleibenden Spielsteine gezeigt. Über den verbleibenden Spielsteinen befinden sich eine Orientierungsauswahl, die den ausgewählten Spielstein zeigt und es dem Spieler erlaubt, seine Orientierung zu ändern. Wenn kein Spielstein ausgewählt ist und das Spiel noch nicht beendet ist, zeigt ein farbiger Punkt in der Orientierungsauswahl, welche Farbe am Zug ist.
Spielsteine können durch Klicken auf einen gezeigten verbleibenden Spielstein ausgewählt werden, durch Benutzen der Buttons mit dem Links/Rechts-Pfeil in der Orientierungsauswahl oder durch Benutzen von Tastenkürzeln.
Unterhalb der Orientierungsauswahl befindet sich eine Punkteanzeige, die die gegenwärtigen Punkte für jede Farbe oder jeden Spieler zeigt. Die Punkte sind die Summe aus den Punkten auf dem Spielbrett und den Bonuspunkten. Punkte sind unterstrichen, wenn sie endgültig sind, weil die Farbe keine Spielsteine mehr spielen kann. Eine kleiner Stern zeigt an, dass die Punkte einen Bonus beinhalten.
Das Spielbrett kann benutzt werden, um Partien einzugeben, die von Menschen gespielt werden, oder um Spiele gegen den Computer zu spielen. In Spielen gegen den Computer kann der Computer jede der Farben (oder mehrere) spielen.
Wenn Sie ein neues Spiel beginnen, ist voreingestellt, dass der Mensch die Farbe(n) des ersten Spielers spielt und der Computer alle anderen Farben. Um dies zu ändern, benutzen Sie Computer-Farben aus dem Menü Computer oder der Werkzeugleiste und wählen Sie die Farben, die der Computer spielen soll.
Die Ausnahme ist, dass es voreingestellt ist, dass der Computer keine Farbe spielt, wenn er im letzten Spiel keine Farbe gespielt hat. Damit wird vermieden, dass der Computer unbeabsichtigt automatisch zu spielen beginnt, wenn der Benutzer das Spielbrett hauptsächlich zum Eingeben von Zugsequenzen oder ähnliche Aufgaben benutzen will. Wenn Sie also das Spielbrett benutzen wollen ohne gegen den Computer zu spielen, brauchen Sie nur einmal die Farben des Computers im Dialogfenster Computer-Farben abschalten und diese Einstellung wird sich nicht ändern. Nach dem Laden eines Spiels ist ebenfalls voreingestellt, dass der Computer keine Farbe spielt.
Die Auswahl von Spielen aus dem Menü Computer oder der Werkzeugleiste lässt den Computer immer einen Zug für die gegenwärtige Farbe spielen. Wenn der Computer diese Farbe bisher nicht gespielt hat, wird er außerdem im weiteren Spielverlauf diese Farbe (und nur diese Farbe) spielen.
Wenn Sie ein Spiel spielen, wird Pentobi die Abfolge der Züge speichern und es ist jederzeit möglich, zu einer früheren Brettstellung zurückzugehen und anders zu spielen. Wenn Sie das tun, wird die neue Zugfolgen als eine alternative Zugfolge (genannt Variante) gespeichert. Varianten können auch von Kommentatoren benutzt werden, um Kommentierungen zu existierenden Spielen hinzuzufügen. Varianten können in jeder Brettstellung existieren und ihrerseits Untervarianten besitzen. Das Spiel kann daher zu einem Spielbaum werden, in dem jeder Knoten eine Brettstellung repräsentiert. Sie können im Spielbaum mit den Menüpunkten des Menüs Gehe zu oder der Werkzeugleiste navigieren.
Die Hauptvariante ist die Zugfolge, die in der Startstellung beginnt und immer den ersten Kindknoten in jeder Brettstellung wählt (z. B. indem Sie Vorwärts im Menü Gehe zu oder der Werkzeugleiste benutzen). Die Hauptvariante sollte das wirklich gespielte Spiel darstellen. Wenn Sie eine Nebenvariante zur Hauptvariante machen wollen, wählen Sie Zu Hauptvariante machen aus dem Bearbeiten-Menü.