Damit einzelne oder auch mehrere Atome bearbeitet werden können, müssen diese zunächst markiert werden. Hierzu kann man entweder im Editiermodus mit einem Rechtsklick auf ein einzelnes Atom in der Szene klicken und dann im erscheinenden Dialogfenster eine Aktion (z.B. Lösche Atom) auswählen. Oder man markiert die einzelnen Atome im Strukturen-Fenster. Hierbei muss man zwischen der Markierung mittels Häkchen und blauem Balken unterscheiden. Bei der Häkchenmarkierung werden die entsprechenden Atome farblich im 3D-Fenster markiert und können später im Schiebemodus (nächster Schritt) verschoben werden. Möchte man jedoch mehrere Atome löschen so müssen diese mittels Strg- oder Shift-Taste + linke Maustaste "blau" markiert bzw. ausgewählt werden.
Anschließend kann man mit rechter Maustaste auf die blaue Markierung klicken und eine gewünschte Aktion für die getroffene Auswahl durchführen. BALLView bietet allerdings auch einen eigenen Auswahlmodus , in dem die Atome im 3D-Fenster direkt markiert werden können. Hierzu klickt man entweder mit der linken Maustaste auf ein einzelnes Atom oder man hält die linke Maustaste gedrückt und zieht eine Markierungsfläche über eine ganze Gruppe von Atomen. Zeitgleich werden im Strukturenfenster bei den entsprechenden Atomen Häkchen gesetzt. Mit einem Rechtsklick auf das entsprechende Atom kann die Markierung wieder aufgehoben werden.
Markieren Sie das Molekül oder dessen Teile im Struktur-Fenster, um fortzufahren.