Ballview bietet eine ganze Reihe von verschiedenen Modelldarstellungen. Man hat die Möglichkeit die aktuelle Darstellung zu verändern oder parallel weitere hinzuzufügen. Nach Erstellung können diese beliebig durch Häkchen ein- und ausgeblendet werden.
Möchte man nur die aktuelle Darstellung verändern, klickt man mit rechter Maustaste im Repräsentationsfenster auf das aktuelle Modell und anschließend im erscheinenden Dialogfenster auf Modell ändern. Im darauf folgenden Dialog kann man unter Typ verschiedene Modelle (Stäbchenmodell, Van der Waal,...) auswählen und mit dem Apply-Button direkt verändern.
Um eine neue Darstellung hinzuzufügen klickt man mit rechter Maustaste im Strukturenfenster auf das entsprechende Molekül, dann auf Erzeuge Repräsentation ⇒ Stäbchen ⇒ nach Element. Dadurch erscheint nun im Repräsentationsfenster ein neuer Eintrag. Je nachdem welches Modell dargestellt werden soll, können die Modelle mittels Häkchen ein- und ausgeblendet werden.
Die Darstellungen können auch jederzeit mit rechter Maustaste oder Entf-Taste im Repräsentationsfenster wieder gelöscht werden.