Uses of Interface
org.biojava.bio.program.homologene.OrthoPairSet
Packages that use OrthoPairSet
-
Uses of OrthoPairSet in org.biojava.bio.program.homologene
Classes in org.biojava.bio.program.homologene that implement OrthoPairSetModifier and TypeClassDescriptionclass
represents the Homologene Group.class
a no-frills implementation of a Homologene GroupMethods in org.biojava.bio.program.homologene that return OrthoPairSetModifier and TypeMethodDescriptionHomologeneDB.createOrthoPairSet()
Create a Homologene Group.SimpleHomologeneDB.createOrthoPairSet()
AbstractOrthoPairSet.filter
(OrthoPairFilter filter) OrthoPairSet.filter
(OrthoPairFilter filter) filter an OrthoPairSetOrthoPairCollection.Iterator.nextSet()
returns the next OrthoPairSetSimpleOrthoPairCollection.Iterator.nextSet()
Methods in org.biojava.bio.program.homologene with parameters of type OrthoPairSetModifier and TypeMethodDescriptionboolean
OrthoPairSetFilter.accept
(OrthoPairSet group) boolean
OrthoPairSetFilter.AcceptAll.accept
(OrthoPairSet group) boolean
OrthoPairSetFilter.AllPairsInCollection.accept
(OrthoPairSet group) boolean
OrthoPairSetFilter.And.accept
(OrthoPairSet group) boolean
OrthoPairSetFilter.ByMinIdentity.accept
(OrthoPairSet group) boolean
OrthoPairSetFilter.ByTaxon.accept
(OrthoPairSet group) boolean
OrthoPairSetFilter.Not.accept
(OrthoPairSet group) boolean
OrthoPairSetFilter.Or.accept
(OrthoPairSet group) boolean
OrthoPairSetFilter.SomePairsInCollection.accept
(OrthoPairSet group) boolean
OrthoPairSetFilter.Xor.accept
(OrthoPairSet group) abstract void
AbstractOrthoPairCollection.add
(OrthoPairSet group) void
OrthoPairCollection.add
(OrthoPairSet group) void
SimpleOrthoPairCollection.add
(OrthoPairSet group) abstract boolean
AbstractOrthoPairCollection.contains
(OrthoPairSet group) boolean
OrthoPairCollection.contains
(OrthoPairSet group) boolean
SimpleOrthoPairCollection.contains
(OrthoPairSet group)