Class Hierarchy
- java.lang.Object
- htsjdk.samtools.AbstractBAMFileIndex (implements htsjdk.samtools.BAMIndex)
- htsjdk.samtools.DiskBasedBAMFileIndex
- htsjdk.samtools.AbstractSAMHeaderRecord (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMFileHeader
- htsjdk.samtools.SAMProgramRecord
- htsjdk.samtools.SAMReadGroupRecord
- htsjdk.samtools.SAMSequenceRecord (implements java.lang.Cloneable)
- htsjdk.samtools.AlignmentBlock (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.BamFileIoUtils
- htsjdk.samtools.BAMFileReader.BAMQueryFilteringIterator
- htsjdk.samtools.BAMFileSpan (implements htsjdk.samtools.SAMFileSpan, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.BAMIndexer
- htsjdk.samtools.BAMIndexMetaData
- htsjdk.samtools.BamIndexValidator
- htsjdk.samtools.BAMQueryMultipleIntervalsIteratorFilter
- htsjdk.samtools.BAMRecordCodec (implements htsjdk.samtools.util.SortingCollection.Codec<T>)
- htsjdk.samtools.BAMSBIIndexer
- htsjdk.samtools.Bin (implements java.lang.Comparable<T>)
- htsjdk.samtools.BinaryTagCodec
- htsjdk.samtools.BinList (implements java.lang.Iterable<T>)
- htsjdk.samtools.BinningIndexBuilder
- htsjdk.samtools.BinningIndexContent
- htsjdk.samtools.BinningIndexContent.BinList (implements java.lang.Iterable<T>)
- htsjdk.samtools.Chunk (implements java.lang.Cloneable, java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.Cigar (implements java.lang.Iterable<T>, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.CigarElement (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.CoordinateSortedPairInfoMap<KEY,REC> (implements java.lang.Iterable<T>)
- htsjdk.samtools.CRAMBAIIndexer
- htsjdk.samtools.CRAMContainerStreamWriter
- htsjdk.samtools.CRAMCRAIIndexer
- htsjdk.samtools.CRAMIterator (implements htsjdk.samtools.SAMRecordIterator)
- htsjdk.samtools.CustomReaderFactory
- htsjdk.samtools.Defaults
- htsjdk.samtools.DefaultSAMRecordFactory (implements htsjdk.samtools.SAMRecordFactory)
- htsjdk.samtools.DownsamplingIterator (implements htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T>)
- htsjdk.samtools.DownsamplingIteratorFactory
- htsjdk.samtools.DuplicateScoringStrategy
- htsjdk.samtools.DuplicateSet
- htsjdk.samtools.DuplicateSetIterator (implements htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T>)
- htsjdk.samtools.GenomicIndexUtil
- htsjdk.samtools.LinearIndex
- htsjdk.samtools.MergingSamRecordIterator (implements htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T>)
- htsjdk.samtools.metrics.MetricBase
- htsjdk.samtools.SamFileValidator.ValidationMetrics
- htsjdk.samtools.util.PeekableIterator<Object> (implements htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T>)
- htsjdk.samtools.SamPairUtil.SetMateInfoIterator
- htsjdk.samtools.QueryInterval (implements java.lang.Comparable<T>)
- htsjdk.samtools.ReservedTagConstants
- htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndValue (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndUnsignedArrayValue
- htsjdk.samtools.SAMFileHeader.PgIdGenerator
- htsjdk.samtools.SamFileHeaderMerger
- htsjdk.samtools.SamFiles
- htsjdk.samtools.SAMFileSource
- htsjdk.samtools.SamFileValidator
- htsjdk.samtools.SAMFileWriterFactory (implements java.lang.Cloneable)
- htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl (implements htsjdk.samtools.SAMFileWriter)
- htsjdk.samtools.BAMFileWriter
- htsjdk.samtools.CRAMFileWriter
- htsjdk.samtools.SAMTextWriter
- htsjdk.samtools.SAMHeaderRecordComparator<T> (implements java.util.Comparator<T>, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SamInputResource
- htsjdk.samtools.SAMLineParser
- htsjdk.samtools.SamPairUtil
- htsjdk.samtools.SamReader.AssertingIterator (implements htsjdk.samtools.SAMRecordIterator)
- htsjdk.samtools.SamReader.PrimitiveSamReaderToSamReaderAdapter (implements htsjdk.samtools.SamReader, htsjdk.samtools.SamReader.Indexing)
- htsjdk.samtools.SamReader.ReaderImplementation (implements htsjdk.samtools.SamReader.PrimitiveSamReader)
- htsjdk.samtools.BAMFileReader
- htsjdk.samtools.CRAMFileReader (implements htsjdk.samtools.SamReader.Indexing)
- htsjdk.samtools.SRAFileReader (implements htsjdk.samtools.SamReader.Indexing)
- htsjdk.samtools.SamReader.Type
- htsjdk.samtools.SamReaderFactory
- htsjdk.samtools.SAMRecord (implements java.lang.Cloneable, htsjdk.samtools.util.Locatable, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.BAMRecord
- htsjdk.samtools.SAMRecord.SAMTagAndValue
- htsjdk.samtools.SAMRecordCoordinateComparator (implements htsjdk.samtools.SAMRecordComparator, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMRecordDuplicateComparator (implements htsjdk.samtools.SAMRecordComparator, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMRecordQueryNameComparator (implements htsjdk.samtools.SAMRecordComparator, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMRecordQueryHashComparator (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMRecordSetBuilder (implements java.lang.Iterable<T>)
- htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionaryCodec
- htsjdk.samtools.SAMSortOrderChecker
- htsjdk.samtools.SamStreams
- htsjdk.samtools.SAMTagUtil
- htsjdk.samtools.SAMTestUtil
- htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec
- htsjdk.samtools.SAMUtils
- htsjdk.samtools.SAMValidationError (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SBIIndex (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SBIIndex.Header (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SBIIndexWriter
- htsjdk.samtools.SecondaryAlignmentSkippingIterator
- htsjdk.samtools.NotPrimarySkippingIterator
- htsjdk.samtools.SecondaryOrSupplementarySkippingIterator
- htsjdk.samtools.SQTagUtil
- htsjdk.samtools.SRAIndex (implements htsjdk.samtools.BrowseableBAMIndex)
- htsjdk.samtools.SRAIterator (implements htsjdk.samtools.SAMRecordIterator)
- htsjdk.samtools.SRAIterator.RecordRangeInfo
- htsjdk.samtools.TagValueAndUnsignedArrayFlag
- htsjdk.samtools.TextCigarCodec
- htsjdk.samtools.TextTagCodec
- java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
- java.lang.Exception
- java.lang.RuntimeException
- htsjdk.samtools.SAMException
- htsjdk.samtools.FileTruncatedException
- htsjdk.samtools.SAMFormatException
- htsjdk.samtools.SAMTestUtil.SanityCheckFailedException
- htsjdk.samtools.SAMException
- java.lang.RuntimeException
- java.lang.Exception
- htsjdk.samtools.AbstractBAMFileIndex (implements htsjdk.samtools.BAMIndex)
Interface Hierarchy
- java.lang.AutoCloseable
- java.io.Closeable
- htsjdk.samtools.BAMIndex
- htsjdk.samtools.BrowseableBAMIndex
- htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T> (also extends java.util.Iterator<E>)
- htsjdk.samtools.SAMRecordIterator
- htsjdk.samtools.SAMFileWriter
- htsjdk.samtools.SamReader (also extends java.lang.Iterable<T>)
- htsjdk.samtools.BAMIndex
- java.io.Closeable
- htsjdk.samtools.BinningIndexBuilder.FeatureToBeIndexed
- java.lang.Cloneable
- htsjdk.samtools.SAMFileSpan
- java.util.Comparator<T>
- htsjdk.samtools.SAMRecordComparator
- htsjdk.samtools.CoordinateSortedPairInfoMap.Codec<KEY,REC>
- htsjdk.samtools.CustomReaderFactory.ICustomReaderFactory
- java.lang.Iterable<T>
- java.util.Iterator<E>
- htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T> (also extends java.io.Closeable)
- htsjdk.samtools.SAMRecordIterator
- htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T> (also extends java.io.Closeable)
- htsjdk.samtools.SamReader.Indexing
- htsjdk.samtools.SamReader.PrimitiveSamReader
- htsjdk.samtools.SAMRecordFactory
Enum Hierarchy
- java.lang.Object
- java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.BamIndexValidator.IndexValidationStringency
- htsjdk.samtools.CigarOperator
- htsjdk.samtools.DownsamplingIteratorFactory.Strategy
- htsjdk.samtools.DuplicateScoringStrategy.ScoringStrategy
- htsjdk.samtools.SAMFileHeader.GroupOrder
- htsjdk.samtools.SAMFileHeader.SortOrder
- htsjdk.samtools.SAMFlag
- htsjdk.samtools.SamFlagField
- htsjdk.samtools.SamIndexes
- htsjdk.samtools.SamPairUtil.PairOrientation
- htsjdk.samtools.SamReaderFactory.Option
- htsjdk.samtools.SAMReadGroupRecord.PlatformValue
- htsjdk.samtools.SAMTag
- htsjdk.samtools.SAMValidationError.Severity
- htsjdk.samtools.SAMValidationError.Type
- htsjdk.samtools.SQTagUtil.SQBase
- htsjdk.samtools.ValidationStringency
- java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)