Class IsoShapeReader

All Implemented Interfaces:
VertexDataServer

final class IsoShapeReader extends VolumeDataReader
  • Field Details

    • psi_n

      private int psi_n
    • psi_l

      private int psi_l
    • psi_m

      private int psi_m
    • psi_Znuc

      private float psi_Znuc
    • sphere_radiusAngstroms

      private float sphere_radiusAngstroms
    • monteCarloCount

      private int monteCarloCount
    • random

      private Random random
    • allowNegative

      private boolean allowNegative
    • rfactor

      private double[] rfactor
    • pfactor

      private double[] pfactor
    • A0

      private static final double A0
      See Also:
    • ROOT2

      private static final double ROOT2
      See Also:
    • ATOMIC_ORBITAL_ZERO_CUT_OFF

      private static final float ATOMIC_ORBITAL_ZERO_CUT_OFF
      See Also:
    • radius

      private float radius
    • ptPsi

      private final javajs.util.P3 ptPsi
    • fact

      private static final float[] fact
    • psi_normalization

      private double psi_normalization
    • aoMax

      private double aoMax
    • aoMax2

      private double aoMax2
    • angMax2

      private double angMax2
    • planeU

      private javajs.util.V3 planeU
    • planeV

      private javajs.util.V3 planeV
    • planeCenter

      private javajs.util.P3 planeCenter
    • planeRadius

      private float planeRadius
    • rnl

      private double rnl
    • surfaceDone

      private boolean surfaceDone
    • nTries

      private int nTries
  • Constructor Details

    • IsoShapeReader

      IsoShapeReader()
  • Method Details

    • init

      void init(SurfaceGenerator sg)
      Description copied from class: SurfaceReader
      implemented in SurfaceFileReader and
      Overrides:
      init in class VolumeDataReader
      Parameters:
      sg -
    • setup

      protected void setup(boolean isMapData)
      Overrides:
      setup in class VolumeDataReader
      Parameters:
      isMapData -
    • setVolumeData

      protected void setVolumeData()
      Overrides:
      setVolumeData in class VolumeDataReader
    • getValue

      public float getValue(int x, int y, int z, int ptyz)
      Description copied from interface: VertexDataServer
      for readers only
      Specified by:
      getValue in interface VertexDataServer
      Overrides:
      getValue in class SurfaceReader
      Parameters:
      x -
      y -
      z -
      ptyz -
      Returns:
      value[x][y][z]
    • getValueAtPoint

      public float getValueAtPoint(javajs.util.T3 pt, boolean getSource)
      Overrides:
      getValueAtPoint in class SurfaceReader
      Parameters:
      pt -
      getSource - TODO
      Returns:
      value
    • setHeader

      private void setHeader(String line1)
    • calcFactors

      private void calcFactors(int n, int el, int m)
    • autoScaleOrbital

      private void autoScaleOrbital()
    • radialPart

      private double radialPart(double r)
    • hydrogenAtomPsi

      private double hydrogenAtomPsi(javajs.util.P3 pt)
    • angularPart

      private double angularPart(double th, double ph, int m)
    • createMonteCarloOrbital

      private void createMonteCarloOrbital()
    • readSurfaceData

      protected void readSurfaceData(boolean isMapData) throws Exception
      Overrides:
      readSurfaceData in class VolumeDataReader
      Throws:
      Exception
    • createGeodesic

      private void createGeodesic()