Class AtomDataReader

All Implemented Interfaces:
VertexDataServer
Direct Known Subclasses:
AtomPropertyMapper, IsoFxyReader, IsoIntersectAtomReader, IsoIntersectReader, IsoMepReader, IsoMOReader, IsoPlaneReader, IsoSolventReader

abstract class AtomDataReader extends VolumeDataReader
  • Field Details

    • maxDistance

      protected float maxDistance
    • contactPair

      protected ContactPair contactPair
    • fileName

      protected String fileName
    • fileDotModel

      protected String fileDotModel
    • modelIndex

      protected int modelIndex
    • atomData

      protected AtomData atomData
    • atomXyzTruncated

      protected javajs.util.P3[] atomXyzTruncated
    • atomRadius

      protected float[] atomRadius
    • atomProp

      protected float[] atomProp
    • atomNo

      protected int[] atomNo
    • atomIndex

      protected int[] atomIndex
    • myIndex

      protected int[] myIndex
    • ac

      protected int ac
    • myAtomCount

      protected int myAtomCount
    • nearbyAtomCount

      protected int nearbyAtomCount
    • firstNearbyAtom

      protected int firstNearbyAtom
    • bsMySelected

      protected javajs.util.BS bsMySelected
    • bsMyIgnored

      protected javajs.util.BS bsMyIgnored
    • bsNearby

      protected javajs.util.BS bsNearby
    • doAddHydrogens

      protected boolean doAddHydrogens
    • havePlane

      protected boolean havePlane
    • doUseIterator

      protected boolean doUseIterator
    • theProperty

      protected float theProperty
    • haveOneProperty

      protected boolean haveOneProperty
    • minPtsPerAng

      private float minPtsPerAng
    • sr

      protected float sr
      solvent radius
    • rs

      protected float[] rs
      atom radius + solvent radius
    • rs2

      protected float[] rs2
      square of (atom radius + solvent radius)
    • maxRS

      protected float maxRS
      maximun (atom radius + solvent radius)
    • thisPlane

      protected float[] thisPlane
    • thisAtomSet

      protected javajs.util.BS thisAtomSet
    • thisX

      protected int thisX
    • margin

      protected float margin
    • vl0

      protected float vl0
    • vl1

      protected float vl1
    • vl2

      protected float vl2
    • bsSurfaceVoxels

      protected javajs.util.BS bsSurfaceVoxels
    • validSpheres

      protected javajs.util.BS validSpheres
    • noFaceSpheres

      protected javajs.util.BS noFaceSpheres
    • voxelSource

      protected int[] voxelSource
    • ptY0

      protected final javajs.util.P3 ptY0
    • ptZ0

      protected final javajs.util.P3 ptZ0
    • pt0

      protected final javajs.util.P3i pt0
    • pt1

      protected final javajs.util.P3i pt1
    • ptV

      protected final javajs.util.P3 ptV
  • Constructor Details

    • AtomDataReader

      AtomDataReader()
  • Method Details

    • initADR

      protected void initADR(SurfaceGenerator sg)
    • setup

      protected void setup(boolean isMapData)
      Overrides:
      setup in class VolumeDataReader
      Parameters:
      isMapData -
    • setup2

      protected void setup2()
    • markPlaneVoxels

      protected void markPlaneVoxels(javajs.util.P3 p, float r)
    • setVolumeForPlane

      protected void setVolumeForPlane()
    • getAtoms

      protected void getAtoms(javajs.util.BS bsSelected, boolean doAddHydrogens, boolean getRadii, boolean getMolecules, boolean getAllModels, boolean addNearbyAtoms, boolean getAtomMinMax, float marginAtoms, javajs.util.M4 modelInvRotation)
      Parameters:
      bsSelected -
      doAddHydrogens -
      getRadii -
      getMolecules -
      getAllModels -
      addNearbyAtoms -
      getAtomMinMax -
      marginAtoms -
      modelInvRotation -
    • setRadii

      protected void setRadii()
    • addAtomProp

      private void addAtomProp(int i, float f)
    • getWorkingRadius

      private float getWorkingRadius(int i, float marginAtoms)
    • setHeader

      protected void setHeader(String calcType, String line2)
    • setRanges

      protected void setRanges(float ptsPerAngstrom, int maxGrid, float minPtsPerAng)
    • setVolumeData

      protected void setVolumeData()
      Overrides:
      setVolumeData in class VolumeDataReader
    • setVolumeDataADR

      protected void setVolumeDataADR()
    • setVertexSource

      protected void setVertexSource()
    • resetPlane

      protected void resetPlane(float value)
    • resetVoxelData

      protected void resetVoxelData(float value)
    • getVoxel

      private float getVoxel(int i, int j, int k, int ipt)
    • unsetVoxelData

      protected void unsetVoxelData()
    • unsetVoxelData2

      protected void unsetVoxelData2()
    • setGridLimitsForAtom

      protected void setGridLimitsForAtom(javajs.util.P3 ptA, float rA, javajs.util.P3i pt0, javajs.util.P3i pt1)
    • getAtomMinMax

      protected void getAtomMinMax(javajs.util.BS bs, javajs.util.BS[] bsAtomMinMax)
    • markSphereVoxels

      protected void markSphereVoxels(float r0, float distance)
    • setVoxel

      protected void setVoxel(int i, int j, int k, int ipt, float value)