Class VariantEffectFusion

All Implemented Interfaces:
Cloneable, Comparable<VariantEffect>

public class VariantEffectFusion extends VariantEffectStructural
Effect of a structural variant (fusion) affecting two genes
Author:
pcingola
  • Constructor Details

    • VariantEffectFusion

      public VariantEffectFusion(Variant variant, Marker mLeft, Marker mRight)
  • Method Details

    • getAaNumLeftEnd

      public int getAaNumLeftEnd()
    • getAaNumLeftStart

      public int getAaNumLeftStart()
    • getAaNumRightEnd

      public int getAaNumRightEnd()
    • getAaNumRightStart

      public int getAaNumRightStart()
    • getGene

      public Gene getGene()
      Overrides:
      getGene in class VariantEffectStructural
    • getGeneLeft

      public Gene getGeneLeft()
    • getGeneRight

      public Gene getGeneRight()
    • getMarker

      public Marker getMarker()
      Overrides:
      getMarker in class VariantEffectStructural
    • getTrLeft

      public Transcript getTrLeft()
    • getTrRight

      public Transcript getTrRight()
    • isGeneGeneFusion

      public boolean isGeneGeneFusion()
    • toString

      public String toString()
      Overrides:
      toString in class VariantEffectStructural